La tomba dell’Apostolo Paolo si trova, infatti, nello stesso punto in cui  l’imperatore Costantino fece erigere il primo altare. Gli scavi archeologici e gli interventi eseguiti nel 2006 hanno fatto emergere il grande sarcofago e hanno anche permesso di riscoprire l’abside costantiniana dell’anno 324.

L’antica abside di Costantino, che oggi si può vedere sotto una lastra di vetro, era orientata verso est e metteva in risalto la tomba. Quando l’aumentato l’afflusso dei pellegrini richiese, alla fine del IV secolo, un ampliamento della Basilica, l’imperatore Teodosio, per non alterare la tomba, invertì l’orientamento dell’edificio.

Una lastra di tre pezzi di marmo, già esistente nel IV secolo con la dedica a Paolo Apostolo martire, è collocata a 40 cm circa sopra il sarcofago. Questa lastra, che può essere vista da una finestra posta dietro l’Altare Papale, presenta tre fori, probabilmente usati in passato per versare profumi nelle tombe o per ottenere reliquie per contatto con la tomba dell’Apostolo.

L’Altare Papale è sormontato dal Ciborio, realizzato nel 1285 da Arnolfo di Cambio. Si erge sopra la tomba di San Paolo su quattro colonne di porfido che adornano l’Altare della Confessione. Nei quattro angoli si riconoscono i santi Paolo, Pietro, Timoteo e Benedetto. In uno degli otto altorilievi esterni, è raffigurato l’abate Bartolomeo, committente dell’opera, mentre offre il ciborio a San Paolo. Il grande architetto fiorentino Arnolfo innalza verso il cielo una serie di linee per sottolineare la preziosità della vita e della morte del martire Paolo.

L’Arco Trionfale in onore di Paolo martire e “dottore di tutto il mondo” fu eretto dall’imperatore Teodosio nel 386 e completato da suo figlio Onorio, come ricorda l’iscrizione posta in alto. Il mosaico fu offerto da Galla Placidia, figlia di Teodosio, in occasione del restauro voluto da Papa Leone Magno dopo il terremoto del 442. Al centro, il Cristo è circondato dai simboli dei quattro Evangelisti e dai 24 Vegliardi dell’Apocalisse. Sugli stipiti si trovano: a sinistra, l’apostolo Paolo, che indica con il dito la sua tomba sotto l’altare e a destra, Pietro. Questi mosaici, danneggiati dall’incendio del 1823, furono restaurati nel 1853.

L’Arco è sostenuto da due monumentali colonne in granito alte 14 metri, ornate da capitelli ionici. Sulla parte posteriore dell’Arco Trionfale sono stati ricollocati i frammenti residui del mosaico del Cavallini (XIII sec.) che adornava l’antica facciata. L’iscrizione “GREGORIUS XVI OPUS ABSOLVIT AN 1840”, sottolinea la fine della prima fase della ricostruzione e la consacrazione papale dell’altare della Confessione.