Nel 313 l´Imperatore Costantino ha promulgato l´Editto di Milano, con cui pose fine alle persecuzioni contro i Cristiani e conferì loro libertà di culto, favorendo la costruzione di luoghi di preghiera.
Pertanto, il luogo del martirio di San Paolo, meta di pellegrinaggi ininterrotti dal I secolo, venne monumentalizzato con la creazione di una piccola basilichetta, di cui si conserva solo la curva dell´abside. Si doveva trattare di un piccolo edificio probabilmente a tre navate, che ospitava in prossimità dell´abside la tomba di Paolo, ornata da una croce dorata.
La chiesetta costantiniana divenne troppo piccola rispetto all’afflusso dei pellegrini, e si ritenne necessario distruggerla per far posto ad una più grande basilica e cambiarne l’orientamento, da est ad ovest.
La Basilica di San Paolo, con la sua imponente struttura bizantina, è la più grande basilica patriarcale di Roma dopo San Pietro in Vaticano; la sua pianta è lunga 131,66 m, larga 65 m e alta 30 m e comprende cinque navate (una grande navata centrale di 29,70 m, affiancata da quattro navate laterali) sostenute da una “foresta” di 80 colonne monolitiche in granito.
Testimoniando l’amore della Chiesa per questo luogo i Papi non cessarono di restaurarla e di abbellirla con l’aggiunta di affreschi, di mosaici, di pitture e di cappelle lungo i secoli: Leone il Grande (440-461) fece ricoprire di mosaici l’Arco di Trionfo, riedificare il tetto e diede inizio alla famosa serie di ritratti di tutti i papi che gira sulla trabeazione delle navate e del transetto, 265 tondi a mosaico (compreso quello nuovo ed illuminato di papa Benedetto XVI), la cui serie originale ad affresco è conservata nel museo annesso alla Basilica.
Nel VI secolo Papa Simmaco ristrutturò l’abside e realizzò degli habitacula per i pellegrini più poveri, mentre la presenza stabile di monaci benedettini presso la tomba dell’Apostolo si deve a Gregorio II (715-731); fu Leone III (795-816) che fece posare la prima lastra di marmo dopo il terremoto del 801.
Papa Giovanni VIII (872-882) fece innalzare una cinta di fortificazione (Giovannopoli) intorno alla Basilica ed alla sua Abbazia per proteggerle da eventuali attacchi, mentre a Gregorio VII (abate del monastero prima di essere eletto Papa) si deve il rialzo del lastricato del transetto, l’edificazione di un campanile (distrutto nel XIX secolo) e la splendida porta di entrata della Basilica, composta da 54 pannelli incisi in lamina d’argento.
Nel XIII secolo la basilica si arricchì prodigiosamente di opere d´arte: mentre Onorio III faceva ricomporre il grande mosaico dell’abside (24 m. di larghezza per 12 m. di altezza) ebbero inizio i lavori per il bellissimo chiostro del maestro Vassallectus, e nel 1285 fu eretto il magnifico ciborio di Arnolfo di Cambio. Famoso č il candelabro per il Cero Pasquale, una vera colonna onoraria alta circa 6 metri, ornata tutta intorno da bassorilievi di stile romanico ispirati alla decorazione dei sarcofagi e che esprimono le storie del Nuovo Testamento;
Dal XIV secolo durante i Giubilei sempre più numerosi pellegrini si recano alla tomba dell’Apostolo, ed in queste occasioni i Papi intraprendono importanti lavori di decorazione della Basilica.
In occasione del giubileo del 1575 Gregorio XIII si occupò di aggiungere la balaustra intorno alla tomba del Santo, nel 1600 Clemente VIII fece rialzare l’altare maggiore, e nel 1625 Urbano VIII si occupò del rifacimento della cappella di San Lorenzo ad opera di Carlo Maderno.
Nell’Anno Santo 1725 Benedetto XIII affidò la costruzione di un nuovo portico ad Antonio Canevari, il quale demolì l’antico vestibolo e fece aggiungere la cappella del Crocifisso (o del Santo Sacramento) per inserirvi il Crocefisso “miracoloso” in legno policromo, attribuito al Senese Tino di Camaino (XIV secolo); tuttora sono visibili una icona in mosaico del XIII secolo ed una commovente statua-reliquia in legno policromo di San Paolo, recante le tracce dell’incendio del 1823.
Nella notte tra il 15 e il 16 Luglio 1823 uno spaventoso incendio distrusse interamente la Basilica, lasciando in piedi poche strutture. Il transetto miracolosamente resse al crollo di parte delle navate, preservando il ciborio di Arnolfo di Cambio ed alcuni mosaici; si dovettero però ricostruire gran parte delle strutture murarie.
A Leone XII toccò l’impegno del rifacimento; il pontefice, non potendo venire incontro all’enorme spesa, chiese al mondo cattolico un aiuto economico attraverso l´enciclica del 25 gennaio 1825 Ad plurimas easque gravissimas. La risposta fu massiccia, non solo da parte dei Cattolici: lo Zar Nicola I donò blocchi di malachite e di lapislazzuli (poi utilizzati per i due sontuosi altari laterali del transetto), il re Fouad I di Egitto regalò colonne e finestre di finissimo alabastro in dono.
Si aprì così il più imponente cantiere della Chiesa di Roma del XIX secolo: la Basilica venne ricostruita in modo identico, anche riutilizzando i pezzi risparmiati dal fuoco al fine di preservarne la sua antichissima tradizione cristiana.
Il 10 dicembre 1854, Papa Pio IX (1846-1876) consacrò la “nuova” Basilica, alla presenza di un gran numero di Cardinali e di Vescovi, giunti a Roma da tutto il mondo per la proclamazione del Dogma dell’Immacolata Concezione.
Il grandioso quadriportico, lungo 70 m. e composto da 150 colonne, venne progettato da Poletti e terminato da Calderini: al centro la colossale statua di San Paolo, di Giuseppe Obici (1807-1878).
La Facciata è decorata con mosaici eseguiti tra il 1854 e il 1874 (cartoni ad opera di Agricola e Consoni) raffiguranti nel registro inferiore i Profeti, nel registro mediano l’Agnello mistico circondato da quattro fiumi che simboleggiano i quattro Vangeli e da dodici agnelli che rappresentano i dodici Apostoli, nel registro superiore il Cristo tra Pietro e Paolo.
La monumentale Porta in bronzo verde, opera di Antonio Maraini, fu collocata nel 1931; in occasione del Giubileo dell’anno 2000 fu collocata la nuova Porta Santa in bronzo dorato, dello scultore Enrico Manfrini.